Den Speicherort für die Mod kannst du im Launcher nicht umstellen, da der gemeine Benutzer von FOCs Faähigkeit zum Modstarten Gebrauch macht;)
Als Alternative kannst du die Mod über ein Bat script starten.
Dieses hier will aus den
.\Mods\Stargate Ordner gestartet werden:
cd..
cd..
IF exist sweaw.exe Start sweaw MODPATH=Mods\Stargate
IF exist swfoc.exe Start swfoc MODPATH=Mods\Stargate
Wenn du es zumbeispiel von da aus einen ordner tiefer versenkst, einfach ein weiteres mal
cd.. hinzufügend damit es um einen weiteren Ordner hochspringt bevor es das Spiel startet.
( Das ganze in eine .txt datei einspeichern und zu .bat oder .cmd umbenennen )